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科学家创造了一种新的生命树,展示了所有已知

时间:2019-01-14

加利福尼亚大学伯克利分校的Jillian Banfield 说:“树的重要特征是许多主要血统都没有孤立的代表” - 也就是说,他们的物种都没有在实验室中单独培养过。领导了这项工作。“我们周围的世界大部分地区都是我们一无所知的生物,”她补充道。

“这是向前迈出的一大步,”佛罗里达自然历史博物馆的Doug Soltis表示,他没有参与这项工作。Soltis领导了去年发布的开放获取系统发育的建设,该系统发育将现有的树木拼接成一个,包括230万种,其中很少是微生物。“如果你对生命之树感兴趣,这正是你想看到的,因为我们生产的只是。。。一个起点,特别是那些细菌在那棵树上的代表性很差,“他对科学家说。

加利福尼亚大学戴维斯分校,进化生物学家Jonathan Eisen解释说,生命之树已经发展成“跳跃和适应” ,他没有参与这项工作,但在提交之前就对手稿发表了评论,之前曾与班菲尔德合作过。树的迭代包括真核生物 - 原核生物二分法,“五国”系统和三域系统,由微生物学家Carl Woese在1987年的一篇具有里程碑意义的论文中概述,“[许多科学家],包括我自己,随处可见, “艾森回忆说。

“我的感觉是人们会用这篇论文做同样的事情,”艾森说。“他们打算将这些树打印出来并放在门上。”

新树依赖于公众可获得的基因组序列数据,并辅以研究人员对超过1,000种微生物物种的宏基因组测序,这些物种的基因组以前没有。这些物种来自各种遥远的环境,包括含水层和两只海豚的嘴。为了确定相关性并构建树,研究人员比较了16种核糖体蛋白的氨基酸序列。

树的神秘分支,称为候选Phyla辐射(CPR),是巨大的:整个树中大约三分之一的遗传多样性 - 与真核生物和古菌的结合 - 来自CPR,研究合着者Laura Hug,a现任加拿大滑铁卢大学班菲尔德实验室的前成员,在电子邮件中告诉科学家。班菲尔德说,目前,整个集团只有一个孤立的代表。

CPR的成员具有独特的生物学特征。“到目前为止,似乎所有这些生物[在CPR内]都具有共生的生活方式,或者至少依赖于其他生物体的绝大多数基本代谢资源,”班菲尔德说。

Banfield说,从CPR细菌中分离出的许多基因功能未知,因此该树可能代表“生物技术丰富的信息来源”。

Eisen指出,沿着这些方向,这些系统发育树的一个好处是它们可以帮助寻找新的生物学功能:“发现新功能的最佳方法之一是去一个与其他任何东西有很大关系的生物体。 “。


加利福尼亚大学伯克利分校的Jillian Banfield 说:“树的重要特征是许多主要血统都没有孤立的代表” - 也就是说,他们的物种都没有在实验室中单独培养过。领导了这项工作。“我们周围的世界大部分地区都是我们一无所知的生物,”她补充道。

“这是向前迈出的一大步,”佛罗里达自然历史博物馆的Doug Soltis表示,他没有参与这项工作。Soltis领导了去年发布的开放获取系统发育的建设,该系统发育将现有的树木拼接成一个,包括230万种,其中很少是微生物。“如果你对生命之树感兴趣,这正是你想看到的,因为我们生产的只是。。。一个起点,特别是那些细菌在那棵树上的代表性很差,“他对科学家说。

加利福尼亚大学戴维斯分校,进化生物学家Jonathan Eisen解释说,生命之树已经发展成“跳跃和适应” ,他没有参与这项工作,但在提交之前就对手稿发表了评论,之前曾与班菲尔德合作过。树的迭代包括真核生物 - 原核生物二分法,“五国”系统和三域系统,由微生物学家Carl Woese在1987年的一篇具有里程碑意义的论文中概述,“[许多科学家],包括我自己,随处可见, “艾森回忆说。

“我的感觉是人们会用这篇论文做同样的事情,”艾森说。“他们打算将这些树打印出来并放在门上。”

新树依赖于公众可获得的基因组序列数据,并辅以研究人员对超过1,000种微生物物种的宏基因组测序,这些物种的基因组以前没有。这些物种来自各种遥远的环境,包括含水层和两只海豚的嘴。为了确定相关性并构建树,研究人员比较了16种核糖体蛋白的氨基酸序列。

树的神秘分支,称为候选Phyla辐射(CPR),是巨大的:整个树中大约三分之一的遗传多样性 - 与真核生物和古菌的结合 - 来自CPR,研究合着者Laura Hug,a现任加拿大滑铁卢大学班菲尔德实验室的前成员,在电子邮件中告诉科学家。班菲尔德说,目前,整个集团只有一个孤立的代表。

CPR的成员具有独特的生物学特征。“到目前为止,似乎所有这些生物[在CPR内]都具有共生的生活方式,或者至少依赖于其他生物体的绝大多数基本代谢资源,”班菲尔德说。

Banfield说,从CPR细菌中分离出的许多基因功能未知,因此该树可能代表“生物技术丰富的信息来源”。

Eisen指出,沿着这些方向,这些系统发育树的一个好处是它们可以帮助寻找新的生物学功能:“发现新功能的最佳方法之一是去一个与其他任何东西有很大关系的生物体。 “。